Otras críticas a Descartes desde la filosofía de la mente es que este, al concebir la mente como una substancia, dejó este tema en el terreno abstracto de la metafísica, no estimulando así la investigación empírica. Por otra parte, el concebir que la res extensano puede pensar, contradice la evidencia de que el cerebro (que es físico y extenso) piensa. Por último, Descartes rechazó la posibilidad de una mente mecánica ya que el terreno del mecanicismo se reduce a los cuerpos extensos y no a la res cogitans. Resulta que en nuestros días hay evidencia empírica de máquinas que piensan. Hay que recordar por ejemplo la partida de ajedrez entre Gary Kaspárov y el programa ordenador X3D Fritz que terminó en empate (2 empates y una victoria para cada uno).

Otro de los frentes de combate cartesiano es el del problema mente-cuerpo. Descartes es considerado por los filósofos de la mente como el punto de partida de un tema que es objeto de discusión a lo largo de siglos. Descartes  afirmó la existencia de dos substancia, siendo la primera la res cogitans, que se identifica con la mente y que su esencia es el pensar. Esta res cogitansposee una serie de propiedades como la de ser conocida directamente, ser libre, indivisible e indestructible. Por otro lado está la res extensa, que se identifica con el cuerpo y cuya esencia es poseer extensión. Las propiedades de esta sustancia extensa es la de ser conocida indirectamente, estar determinada, ser  infinitamente divisible y ser destructible. Hay que agregar que Descartes dejó algunas respuestas sin responder, o al menos, no dio una respuesta satisfactoria al respecto.

Esta clase de ideas hace de Descartes, en la actualidad, un enemigo acérrimo de quienes conciben a la Tierra como una ser vivo, por ejemplo, los adherentes a la hipótesis Gaia, donde todos los seres vivos estamos en cierta medida interconectados, por lo que la explotación de la naturaleza no significa más que hacernos daños a largo plazo a nosotros mismos. Tomemos algunas ideas  del paradigma de los sistemas vivos del físico Fritjof Capra para entender el planteamiento de Descartes: 

Más adelante nos ocuparemos del tema de Dios. Por ahora lo importante es que Descartes va a llegar a un punto importante de su filosofía que es el “ser del sujeto”. Después procederá del ser del sujeto al ser de Dios y del ser de Dios al ser del mundo, de manera que  en este orden proseguiré. 

La empresa que estaba llevando a cabo suponía también la elaboración de una nueva moral, ya que Descartes decidió dudar de todo cuanto había aprendido y esto incluía la ética. Descartes establece así sus tres máximas:“…seguir las leyes y costumbres de mi país, conservando con firme constancia la religión en que la gracia de Dios hizo que me instruyeran desde niño, rigiéndome en todo lo demás por las opiniones más moderadas y más apartadas de todo exceso.Su segunda máxima consistió  en “ser en mis acciones lo más firme y resuelto que pudiera y seguir tan constante en las más dudosas opiniones, una vez determinado a ellas, como si fuesen segurísimas…”[1].Descartes realizaba la analogía de los caminantes extraviados en un bosque, los cuales no deberían andar errando o detenerse, sino que debían caminar lo más derecho que pódian hacia un sitio fijo, sin cambiar de dirección ya que, al menos acabarían llegando a una parte mejor que estar en medio del bosque. 

Ahora nos concentraremos en las dos principales obras filosóficas de Descartes: el Discurso del Método (1637) y las Meditaciones metafísicas (1642). Descartes realizó una severa crítica a las enseñanzas que había recibido. No se quedó en el mero escepticismo, sino que va a ofreció un método para dirigir el pensamiento de manera correcta. En el invierno quedó sumido en sus meditaciones con el objetivo de llevar a cabo un proyecto radical que afectará no sólo al ámbito epistemológico, sino que también el ontológico. Descartes escribe a modo de autobiografía, en primera persona y se muestra entusiasmado por el descubrimiento de un método:

Descartes fue testigo presencial de estas pugnas donde las personas se daban muerte motivados por el poder y el odio religioso. Descartes vivió en una época marcada por la incertidumbre, la confusión, el caos y el miedo, y posiblemente esto condicionó su filosofía. ¿Podría encontrarse un oasis de seguridad o certidumbre dentro de este panorama geopolítico un tanto caótico? Dentro de este contexto Descartes desarrolló un método que le permitiese obtener un conocimiento cierto, encontrar ideas que fuesen evidentes por sí mismas, las verdades que debían ser claras y distintas. Fue dentro de este contexto donde el filósofo francés pondría en marcha todo su potencial mental. 

Antes de entrar directamente a hablar acerca de la vida y filosofía del autor hay que entender el contexto histórico, aunque sea a vuelo de cóndor. Hay que tener siempre presente que para entender a un filósofo hay que entender también la época que le toco vivir. La Guerra de los Treinta Años (1618-1648) azotaba a Europa. Esta guerra, como señala el historiador Norman Davies, puede ser vista bajo tres prismas. En primer lugar como un conflicto germano en donde el emperador se enfrentaba a los príncipes (Alemania recién se unificaría en 1871). 

René Descartes es sin duda uno de los pensadores medulares dentro de la historia de la filosofía occidental. La duda, el cuestionamiento, el no aceptar verdades simplemente porque han sido aceptadas por siglos, son parte del “ethos”del pensador francés, aunque fue más cauteloso que Galileo a la hora de hacer público otras obras concerniente a los planetas. Descartes abrió una grieta en el edificio de la filosofía que imperaba hasta ese entonces. Lanzó un fuerte golpe a la escolástica y cuestionó a las autoridades filosóficas como Aristóteles y Tomás de Aquino. Si bien fue sólo una grieta, esta ya no tendría arreglo y sería la labor de otros filósofos la de enterrar la antigua filosofía o lo que se concebía como “filosofía” hasta ese entonces. Por esa razón Descartes es considerado el padre de la filosofía moderna